根據(jù)山西省財政廳與省環(huán)保廳共同修訂的《關于完善地表水跨界斷面水質(zhì)考核生態(tài)補償機制的通知》，山西省財政將對省環(huán)保廳考核的水質(zhì)斷面不達標的市（縣）扣繳生態(tài)補償金、水質(zhì)改善明顯的市（縣）進行獎勵，以此促進全省水環(huán)境質(zhì)量持續(xù)改善。
對水質(zhì)不達標的市（縣）扣繳生態(tài)補償金?？己藬嗝娴幕瘜W需氧量、氨氮監(jiān)測濃度均不超過考核標準，不扣繳生態(tài)補償金；超過考核標準50%及以下、50%至100%（含）、超過1倍至5倍（含）、超過5倍至10倍（含）、超過10倍以上的，分50萬元—300萬元五檔扣繳生態(tài)補償金。同一市（縣）范圍內(nèi)，所有考核斷面生態(tài)補償金按月累計扣繳。
對水質(zhì)達標或改善的給予生態(tài)補償獎勵。在無入境河流時所考核斷面COD、氨氮的實測濃度值與考核目標相比保持或改善的斷面給予獎勵。保持水質(zhì)目標獎勵：連續(xù)三月水質(zhì)保持考核目標的，獎勵10萬元；全年水質(zhì)保持考核目標的獎勵100萬元。水質(zhì)改善獎勵：當月比上年同期實現(xiàn)水質(zhì)改善時給予獎勵，由不達標到達標獎勵100萬元、達標后跨級別獎勵50萬元、三類水以上跨一級別獎勵20萬元，同一斷面累計獎勵。
生態(tài)補償金的扣繳程序：省環(huán)保廳負責核定各斷面每月水質(zhì)和扣繳補償金數(shù)額或獎勵資金數(shù)額，年終由省環(huán)保廳督促有關市和擴權強縣試點縣上繳生態(tài)補償金，仍不能上解的，由省財政年終結(jié)算時統(tǒng)一扣繳。
山西財政下達的獎勵資金和扣繳的生態(tài)補償金全部用于跨流域水污染綜合整治，考核斷面水質(zhì)監(jiān)測補助、考核斷面水質(zhì)自動監(jiān)測站建設和運行補助。
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